La différence est importante.

Un pacte d'actionnaires est un pacte entre actionnaires d'une entreprise, c'est-à-dire copropriétaires. Il s'agit d'un accord entre plusieurs membres d'une même entreprise.

Un accord de joint-venture est un accord entre deux (ou plus) personnes ou entreprises pour se lancer ensemble (conjointement) dans une entreprise. Il s'agit d'un accord entre plusieurs membres de différentes sociétés.